Werner Wölbern studierte Theaterwissenschaft in Berlin und absolvierte von 1984 bis 1988 an der Essener Folkwangschule die Ausbildung zum Schauspieler. Es folgten Engagements an Theatern in Heilbronn, Esslingen, Köln und Düsseldorf und am Thalia Theater in Hamburg.

Von 1999 bis 2004 war er Ensemble-Mitglied des Wiener Burgtheaters und kehrte dann ans Thalia Theater zurück. 2005 inszenierte Wölbern Seid nett zu Mr.Sloane von Joe Orton für das Staatsschauspiel Stuttgart. Im März 2006 fand die Premiere von Fassbinders Katzelmacher statt, bei dem Werner Wölbern Regie führte. Die Inszenierung des Schauspiels Essen wurde beim Schauspielschultreffen 2006 mit dem Ensemblepreis ausgezeichnet. 2007 inszenierte Wölbern das Stück Shrink von Thomas Huber an den Hamburger Kammerspielen. Werner Wölbern ist zudem häufig in TV- und Kino-Produktionen zu sehen.

Zudem wirkte er an verschiedenen Hörbüchern/Hörspielen mit, zuletzt unter anderem: "Ulysses" v. James Joyce (Regie: Klaus Buhlert), ausgezeichnet mit dem Deutschen Hörbuchpreis und als Hörbuch des Jahres 2012. In den Jahren 2000 und 2002 war er für den Nestroy-Theaterpreis nominiert. 2002-2004 unterrichtete Wölbern Rollen- und Szenenstudium an der Theaterakademie Hamburg.

Werner Wölbern ist seit dem Wintersemester 2007/2008 Professor für Rollenarbeit und szenischen Unterricht an der HfMDK. Er war Gast am Deutschen Theater Berlin, am Deutschen Schauspielhaus und Thalia Theater und am Wiener Burgtheater. Seit 2011 ist er Gast am Residenztheater München, seit 2014 am Schauspielhaus Bochum und seit 2017 außerdem am Schauspiel Frankfurt.