Wer­ner Wöl­bern stu­dier­te Thea­ter­wis­sen­schaft in Ber­lin und ab­sol­vier­te von 1984 bis 1988 an der Folk­wang Uni­ver­si­tät der Küns­te in Es­sen die Aus­bil­dung zum Schau­spie­ler. Es folg­ten En­ga­ge­ments an Thea­tern in Heil­bronn, Ess­lin­gen, Köln und Düs­sel­dorf und am Tha­lia Thea­ter in Ham­burg.

Von 1999 bis 2004 war er En­sem­ble-Mit­glied des Wie­ner Burg­thea­ters und kehr­te dann ans Tha­lia Thea­ter zu­rück. 2005 in­sze­nier­te Wöl­bern Seid nett zu Mr.Slo­ane von Joe Or­ton für das Staats­schau­spiel Stutt­gart. Im März 2006 fand die Pre­mie­re von Fass­bin­ders Kat­zel­ma­cher statt, bei dem Wer­ner Wöl­bern Re­gie führ­te. Die In­sze­nie­rung des Schau­spiels Es­sen wur­de beim Schau­spiel­schul­tref­fen 2006 mit dem En­sem­ble­preis aus­ge­zeich­net. 2007 in­sze­nier­te Wöl­bern das Stück Shrink von Tho­mas Hu­ber an den Ham­bur­ger Kam­mer­spie­len. Er ist zu­dem häu­fig in TV-Pro­duk­tio­nen zu se­hen.

Zu­dem wirk­te er an ver­schie­de­nen Hör­bü­chern/Hör­spie­len mit, u.a.: "Other­land" (2004/05, Re­gie Wal­ter Ad­ler),  "Ulys­ses" v. Ja­mes Joy­ce (Re­gie: Klaus Buh­lert), aus­ge­zeich­net mit dem Deut­schen Hör­buch­preis und als Hör­buch des Jah­res 2012. In den Jah­ren 2000 und 2002 war er für den Nes­troy-Thea­ter­preis no­mi­niert. Von 2002 - 2004 un­ter­rich­te­te Wöl­bern Rol­len- und Sze­nen­stu­di­um an der Thea­ter­aka­de­mie Ham­burg.

Wer­ner Wöl­bern ist seit dem Win­ter­se­mes­ter 2007/2008 Pro­fes­sor für Rol­len­ar­beit und sze­ni­schen Un­ter­richt an der HfMDK. Ein Schwer­punkt ist die In­sze­nie­rung der En­sem­ble­ar­beit des 2. Jahr­gangs so­wie die Ar­beit an den Klas­si­schen Mo­no­lo­ge (2. Jg) und an den Mo­no­log- und Du­o­sze­nen des Ab­schluss­jahr­gangs.

Er war Gast am Deut­schen Thea­ter Ber­lin, am Deut­schen Schau­spiel­haus und Tha­lia Thea­ter in Ham­burg, am Burg­thea­ter in Wien, am Re­si­denz­thea­ter Mün­chen, am Schau­spiel­haus Bo­chum und zu­letzt an den Büh­nen Bern.